מאז שנת 1992 מגיעים לאלוני יצחק תלמידים במסגרת פרויקט נעל"ה. הם מגיעים אלינו לכיתה י´, לתכנית לימודים תלת-שנתית, לאחר מיונים בארצות חבר העמים. תלמידי נעל"ה לומדים בכיתה נפרדת בשל צרכיהם המיוחדים מבחינת חומר הלימודים.
עם הגיעם לכיתה י´ הם מקבלים שעות רבות של עברית, הכוללות לימוד אינטנסיבי של השפה הכתובה והשפה הדבורה עפ"י ספר לימוד הנהוג באוניברסיטה העברית. וכן שימוש באמצעי הוראה נוספים המותאמים לעולים חדשים, כמו תוכנות מיוחדות במחשבים ובמעבדה הלשונית. אמצעים אלה הוכחו במשך השנים כיעילים ביותר מאחר והתלמידים יכולים להתקדם באמצעותם באופן אינדיבידואלי. במעבדה הלשונית התלמידים מתרגלים את מיומנות הדיבור, דבר שלא תמיד מוצא את ביטויו בשיעורים הרגילים.
גם תחומי-דעת נוספים נלמדים בעברית למרות הקושי, כמו למשל מסורת, מאחר והכרת התרבות והמסורת היהודית חשובה לצורך קליטתם בחברה. בנוסף למקצועות העברית התלמידים לומדים גם את כל שאר מקצועות הלימוד של כתות י´, כולל מקצועות בחירה כגון: מחשבים, פיזיקה, אומנות וכו´.
בכיתה י"א התלמידים ממשיכים בלימודיהם בהתאם לתכנית משרד החינוך וכבר בסיום שנה זו הם ניגשים למספר בחינות בגרות: רוסית בהיקף של 5 יחידות לימוד, לשון 1 יחידת לימוד והיסטוריה 1 יחידת לימוד. מבחני הבגרות בלשון ובהיסטוריה מותאמים לעולים חדשים על פי דרישת משרד החינוך.
בכיתה י"ב התלמידים מסיימים את כל שאר בחינות הבגרות על פי דרישות משרד החינוך ובהתאם לזכויות עולים.
לאחר סיום לימודיהם ניתנת לתלמידים האפשרות לבחור האם לסיים את תכנית נעל"ה ולחזור לארצם או להישאר בארץ. בהגיעם תלמידי נעל"ה נחשבים לתיירים בעלי אזרחות של המדינה ממנה באו עם ויזת לימודים. אם ברצונם להישאר עליהם לשנות את מעמדם ולהתחיל בתהליך התאזרחות. מי שמעוניין להתאזרח מתחיל למעשה את ההליכים כבר במשך שנת הלימודים השלישית (י"ב), מאחר וזהו הליך בירוקראטי הדורש זמן. תלמיד שמסיים את תהליך ההתאזרחות מקבל תעודת זהות, תעודת עולה וכן צו גיוס לצה"ל.
חשוב לציין שלמעלה מ90% מקרב בוגרי הפרויקט מחליטים להישאר בארץ בתום הפרויקט, ובעקבותיהם מגיעים לארץ גם רבים מבני משפחתם , כפי שמעיד על כך שם הפרויקט נ-ע-ל-ה : נוער עולה לפני הורים.
בפנימיה נמצאים תלמידי נעל"ה בקבוצות נפרדות מתלמידי בני שכבתם. כמו לכל קבוצה יש להם מדריך, אם-בית, ש"ש ועובדת סוציאלית של הכפר. אל הכפר מגיע פעם בשבוע פסיכולוג, מטעם מנהלת נעל"ה, אשר ניפגש עם הצוות החינוכי ומקיים פגישות אינדיבידואליות עם תלמידים בהתאם לצורך. בנוסף מגיע לכפר מלווה חינוכי מטעם מנהלת נעל"ה הפוגש את התלמידים בהרכב המלא של הקבוצה ותפקידו כשמו – ללוות את הקבוצה כקבוצה.
בחופשים מינהלת נעל"ה מקיימת טיולים וסמינרים. מטרת הטיולים והסמינרים לנצל את החופשות להכרת הארץ ולסייע לתלמידים בהיקלטותם בארץ, בהשתייכותם לקבוצה ובהתמודדות עם מצבם המיוחד בסביבה חדשה ולא מוכרת – הכל בהתאם לגילם ולמצבם.
במשך שנת הלימודים השלישית (י"ב) אנו דואגים להביא בפני התלמידים נציגים שונים המתמחים בנושאים שונים: נציג של אגף הבוגרים ממנהלת נעל"ה, אשר משוחח עם התלמידים על האפשרויות השונות לאחר סיום הלימודים, צבא, עתודה, שרות לאומי וכו´. כמו כן אנו מביאים נציגים ממינהל הסטודנטים המסבירים לתלמידים את זכויותיהם ללימודים גבוהים מתוקף היותם עולים חדשים בוגרי פרויקט נעל"ה. נציגי משרד הקליטה מסבירים אודות האספקט הכלכלי של עובדת סיום לימודיהם בפרויקט נעל"ה וכמובן אנו משתדלים להפגישם עם בוגרי נעל"ה משנים קודמות.
