כפר הנוער "אלוני יצחק" הוקם בראשית שנת 1948 עלי ידי יחיאל חריף ז"ל פעיל תנועת הנוער הציוני, בשיתוף עליית הנוער. המטרה
העיקרית שעמדה לנגד עיניהם של המייסדים הייתה קליטתם של ילדים ובני נוער שורדי שואה בני התנועה. מאז הקמתו ועד היום התחנכו בכפר הנוער "אלוני יצחק" אלפי בני נוער ילידי הארץ ועולים מכל ארצות העולם. הם מצאו בו בית חם ואוהב, המכשיר אותם להתערות במדינה כאזרחים מועילים הממשמשים את מלוא הפוטנציאל הגלום בהם.
מקור השם "אלוני יצחק" הוא באלונים העתיקים, ששרידיהם נמצאו במקום ולאלונים צורף שמו של יצחק גרינבוים ז"ל ממנהיגי התנועה הציונית בפולין, שכיהן כשר הפנים הראשון במדינת ישראל.
"אלוני יצחק" נמצא בבעלות חברת "יסודות" המאגדת את כפרי הנוער, שהוקמו על ידי תנועת "הנוער הציוני".